彩绘玻璃的繁荣与大批教堂的出现密切相关，主要盛行于罗马式和哥特式建筑。罗马式和哥特式建筑的窗户比较高大，布满整个建筑立面，便于采光。传统壁画中的玻璃镶嵌技法，在这两种建筑结构的教堂中难以运用，因而逐渐退出历史舞台，彩绘玻璃由此兴起。
简单的说，在哥特式教堂内部的彩色玻璃是以复杂的构图加以装饰的，或者以耶稣、圣玛利亚等人物的大型独身象为彩色玻璃的图像，用装饰的方式来演变圣经的故事。
到了中世纪，欧洲无数的天主教教堂都有彩色玻璃窗。然而，直到12世纪，这些窗户都相对简单，规模小，轮廓由厚铁架。这是因为罗马式建筑——一种以厚墙和圆形形式为特征的建筑风格——主导了建筑品味。
彩色玻璃窗的使用在12世纪中叶得到了普及，圣丹尼斯的修道院院长苏格被称为“彩色玻璃之父”，因为是他首次概念化地使用彩色玻璃窗来创造一种“天堂之光”，被视为上帝在教堂中的存在
彩绘玻璃，随着欧洲中世纪教堂的发展而兴盛，浓墨重彩且肃穆，以纯手绘经低温烤制而成。随着技术的发展，现在多使用电脑作图，印刷设备进行绘制。
这种独特的玻璃窗花艺术在12世纪和13世纪的哥特式艺术时代达到顶峰。尤其以哥特式教堂内的彩色玻璃窗最为出名。